Die Gewerbesteuer als solche wird von der Steuerreform nicht berührt, obwohl vielfach ihre Abschaffung gefordert wurde. Sie kommt für Kapitalgesellschaften zur Körperschaftsteuer-Zahlung dazu. Je nach Standort soll die Gesamtbelastung mit Steuer bei maximal etwa 38% liegen. 

Für Personenunternehmen wurde festgelegt, dass sie die bezahlte Gewerbesteuer mit dem 1,8-fachen des Gewerbesteuer-Hebesatzes von ihrer Einkommensteuerschuld abziehen können sollen; dies entspricht einer Entlastung, wie wenn Gewerbesteuer bei einem örtlichen Gewerbesteuer-Hebesatz von 180% nicht bezahlt werden muss. 

Darüber hinaus kann die bezahlte Gewerbesteuer weiterhin als Betriebsausgabe steuerlich geltend gemacht werden. Bei einem Spitzensteuersatz um die 50% würde das eine noch mal so hohe Entlastung bedeuten. Das Verfahren ist aber schwer zu berechnen, da der eigene Steuersatz des Steuerpflichtigen hierbei zu berücksichtigen ist. 

Da die Gewerbesteuer-Hebesätze von den Standort-Gemeinden selbst festgelegt werden könne, liegen diese oft über 400%; die Spitze in Deutschland hält Frankfurt am Main mit 515%. Bei Hebesätzen in dieser Höhe kann die Gewerbesteuer von der neuen Regelung nicht vollständig kompensiert werden.